Jätteiden poistaminen biopolttoaineesta vaatii lähestymistavan, joka sopii jätteiden ominaisuuksiin ja biopolttoaineen koostumukseen.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottelutekniikka jätteiden tehokkaaksi poistamiseksi biopolttoaineesta.
Hyvin valvotun prosessin ja pitoisuuden sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.