Jätteiden poistaminen bioetanolista vaatii lähestymistavan, joka vastaa jätteiden ominaisuuksia ja bioetanolin koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka jätteiden tehokkaaksi poistamiseksi bioetanolista.
Hyvin valvonnan ja konsentraation sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.