Jätteiden suodattaminen glyserolista vaatii lähestymistavan, joka vastaa jätteiden ominaisuuksia ja glyserolin koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka jätteiden tehokkaaksi poistamiseksi glyserolista.
Hyvin valvotun prosessin ja pitoisuuden sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.