Jätteiden puhdistaminen IJsselmeer-vedestä vaatii lähestymistavan, joka vastaa jätteiden ominaisuuksia ja IJsselmeer-veden koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottelutekniikka jätteiden tehokkaaseen poistamiseen IJsselmeer-vedestä.
Hyvin valvotun prosessin ja pitoisuuden sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.