Levän puhdistaminen biopolttoaineesta vaatii lähestymistavan, joka vastaa levän ominaisuuksia ja biopolttoaineen koostumusta.
Käytännössä usein käytetään esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai eristystekniikka levän tehokkaaksi poistamiseksi biopolttoaineesta.
Hyvin valvotun prosessin avulla ja säätämällä konsentraatiota ja virtausta voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.