Bio-etanolin jätteiden erottaminen vaatii lähestymistavan, joka sopii jätteiden ominaisuuksiin ja bio-etanolin koostumukseen.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka jätteiden tehokkaaseen poistamiseen bio-etanolista.
Valvomalla prosessia hyvin ja säätämällä sitä pitoisuuden ja virtaaman mukaan voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.