Jätteiden poistaminen bioetanolista vaatii lähestymistavan, joka sopii jätteiden ominaisuuksiin ja bioetanolin koostumukseen.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottelutekniikka jätteiden tehokkaaseen poistamiseen bioetanolista.
Hyvin valvotun prosessin ja pitoisuuden sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.