Jätteen puhdistaminen glyseriinistä vaatii lähestymistavan, joka vastaa jätteen ominaisuuksia ja glyseriinin koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erotustekniikka jätteen tehokkaaksi poistamiseksi glyseriinistä.
Hyvin valvotun prosessin avulla ja säätämällä sitä pitoisuuden ja virtaaman mukaan voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.