Perkolaatin jäteveden puhdistaminen vaatii lähestymistavan, joka vastaa jäteveden ominaisuuksia ja perkolaatin koostumusta.
Käytännössä usein käytetään esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka jäteveden tehokkaaseen poistamiseen perkolaatista.
Hyvin valvovan ja pitoisuutta sekä virtaamaa säätävän prosessin avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.