Bioetanolista peräisin olevien jätteiden puhdistaminen vaatii lähestymistavan, joka vastaa jätteiden ominaisuuksia ja bioetanolin koostumusta.
Käytännössä usein käytetään esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erotustekniikka jätteiden tehokkaaseen poistamiseen bioetanolista.
Hyvin valvotun prosessin avulla ja säätämällä pitoisuutta ja virtausta voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.