Levän puhdistaminen bioetanolista vaatii lähestymistavan, joka vastaa levän ominaisuuksia ja bioetanolin koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottelutekniikka levän tehokkaaksi poistamiseksi bioetanolista.
Hyvin valvotun prosessin avulla ja säätämällä pitoisuutta ja virtausta voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.