Bio-dieselin jätteiden suodattaminen vaatii lähestymistavan, joka vastaa jätteiden ominaisuuksia ja bio-dieselin koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka jätteiden tehokkaaksi poistamiseksi bio-dieselistä.
Hyvin valvonnan ja konsentraation sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.