Jätteiden suodattaminen bio-dieselistä vaatii lähestymistavan, joka soveltuu jätteiden ominaisuuksiin ja bio-dieselin koostumukseen.
Käytännössä usein käytetään esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottelutekniikka jätteiden tehokkaaseen poistamiseen bio-dieselistä.
Hyvin valvonnan ja konsentraation sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.