Jätteiden suodattaminen glyserolista vaatii lähestymistavan, joka vastaa jätteen ominaisuuksia ja glyserolin koostumusta.
Käytännössä usein käytetään esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka jätteen tehokkaaksi poistamiseksi glyserolista.
Hyvin valvonnan ja pitoisuuden sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.