Levän suodattaminen bioetanolista vaatii lähestymistavan, joka vastaa levän ominaisuuksia ja bioetanolin koostumusta.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka levän tehokkaaksi poistamiseksi bioetanolista.
Hyvin valvonnan ja konsentraation sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.