Å fjerne alger fra biodiesel krever en tilnærming som passer til egenskapene til alger og sammensetningen av biodiesel.
I praksis brukes ofte et forhåndstrinn, etterfulgt av en egnet filtrerings- eller separasjonsteknikk for å fjerne alger effektivt fra biodiesel.
Ved å overvåke prosessen nøye og tilpasse den til konsentrasjon og flow, kan man oppnå et stabilt og pålitelig resultat.