Fjerning av alger fra perkolatvann krever en tilnærming som tilpasses egenskapene til alger og sammensetningen av perkolatvann.
I praksis brukes ofte et forhåndstrinn, etterfulgt av en passende filtrerings- eller separasjonsteknikk for å fjerne alger effektivt fra perkolatvann.
Ved å overvåke prosessen nøye og tilpasse den til konsentrasjon og gjennomløp, kan man oppnå et stabilt og pålitelig resultat.