Rensing av alger ut av biodiesel krever en tilnærming som tar hensyn til egenskapene til alger og sammensetningen av biodiesel.
I praksis brukes ofte et forstadium, etterfulgt av en passende filtrerings- eller separasjonsteknikk for å fjerne alger effektivt fra biodiesel.
Ved å overvåke prosessen nøye og tilpasse den til konsentrasjon og flow, kan man oppnå et stabilt og pålitelig resultat.