Rensing av alger ut av kjølevann krever en tilnærming som tilpasses egenskapene til alger og sammensetningen av kjølevannet.
I praksis brukes ofte et forstadium, etterfulgt av en egnet filtrerings- eller separasjonsteknikk for å fjerne alger effektivt fra kjølevannet.
Ved å overvåke prosessen nøye og tilpasse den til konsentrasjon og flow, kan man oppnå et stabilt og pålitelig resultat.