Å skille ut alger fra bioetanol krever en tilnærming som er tilpasset egenskapene til algen og sammensetningen av bioetanol.
I praksis brukes ofte et forhåndstrinn, etterfulgt av en egnet filtrerings- eller separasjonsteknikk for effektivt å fjerne alger fra bioetanol.
Ved å overvåke prosessen nøye og tilpasse den til konsentrasjon og flow, kan man oppnå et stabilt og pålitelig resultat.