Å skille ut cellulose fra biodiesel krever en tilnærming som er tilpasset cellulose sine egenskaper og sammensetningen av biodiesel.
I praksis brukes ofte et forhåndstrinn, etterfulgt av en egnet filtrerings- eller separasjonsteknikk for å fjerne cellulose effektivt fra biodiesel.
Ved å overvåke prosessen nøye og tilpasse den til konsentrasjon og flow, kan man oppnå et stabilt og pålitelig resultat.