Jätteiden poistaminen bio-dieselistä vaatii lähestymistavan, joka soveltuu jätteiden ominaisuuksiin ja bio-dieselin koostumukseen.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka jätteiden tehokkaaksi poistamiseksi bio-dieselistä.
Hyvin valvonnan ja konsentraation sekä virtaaman säätämisen avulla voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.