Biopolttoaineen jätteiden puhdistaminen vaatii lähestymistavan, joka soveltuu jätteiden ominaisuuksiin ja biopolttoaineen koostumukseen.
Käytännössä käytetään usein esivaihetta, jota seuraa sopiva suodatus- tai erottamistekniikka jätteiden tehokkaaseen poistamiseen biopolttoaineesta.
Seuraamalla prosessia tarkasti ja säätämällä sitä pitoisuuden ja virtaaman mukaan, voidaan saavuttaa vakaa ja luotettava tulos.