Fjerning av alger fra brakkvann krever en tilnærming som tar hensyn til egenskapene til alger og sammensetningen av brakkvann.
I praksis brukes ofte et forløp, etterfulgt av en passende filtrerings- eller separasjonsteknikk for å fjerne alger effektivt fra brakkvann.
Ved å overvåke prosessen nøye og tilpasse den til konsentrasjon og flow, kan man oppnå et stabilt og pålitelig resultat.