Å skille alger ut av ferskvann krever en tilnærming som tilpasses egenskapene til alger og sammensetningen av ferskvann.
I praksis brukes ofte et forstadium, etterfulgt av en passende filtrerings- eller separasjonsteknikk for å fjerne alger effektivt fra ferskvann.
Ved å overvåke prosessen nøye og tilpasse den til konsentrasjon og flow, kan man oppnå et stabilt og pålitelig resultat.